Para realizar las tareas de investigación en el mar, conocer la magnitud y fluctuaciones de los recursos vivos y determinar los niveles de captura máxima sostenible, se requiere de una amplia y especializada infraestructura. El IMARPE posee una Sede Central en la Provincia Constitucional del Callao (12°03'S; 77°09'W), donde estan ubicados los más importantes laboratorios de investigación y oficinas de procesamiento de datos y desde donde se ejerce la planificación de las investigaciones, la supervisión y coordinaciones de las operaciones de mar y la elaboración de informes para la toma de decisiones por parte del Ministerio de la Producción y diversas empresas pesqueras.

Existen además, siete Laboratorios Costeros permanentes a lo largo del litoral, localizados en Túmbes, Paita , Chiclayo , Chimbote , Huacho , Pisco e Ilo , y puntos de muestreo en todos los puertos de desembarque industrial de recursos hidrobiológicos.