El objetivo de la Unidad de Investigaciones en Biodiversidad, es generar información y conocimiento de la diversidad biológica marina, así como los fenómenos y procesos que lo regulan, con relación a los conceptos, principios y acuerdos de la Convención de la Diversidad Biológica (CDB), Comercio Internacional de Especies Amenazadas (CITES) y la política nacional sobre la Biodiversidad.

Las actividades que se desarrollan están enfocadas a promover y realizar investigaciones que permitan ampliar el conocimiento de la Diversidad Biológica Marina, de los procesos ambientales que regulan su existencia, a fin de lograr su conservación y uso sostenible.

De esta manera, esperamos posicionar al IMARPE como una institución líder en el ámbito nacional e internacional, por su capacidad de proveer información necesaria para el conocimiento, manejo y uso sostenible de la Diversidad Biológica Marina del Perú, mediante un personal científico, suficiente y comprometido.