Los eventos El Niño provocan cambios en la disponibilidad de alimentos y en la distribución de especies marinas, lo que se manifiesta directamente en los desembarques. En el caso de la anchoveta, esta es una especie de aguas frías y, dependiendo de la intensidad del evento El Niño, el recurso se acerca hacia la costa, se profundiza y/o migra a mayores latitudes hacia el sur, pudiendo concentrarse en el sur del Perú y eventualmente migrar hacia el norte de Chile. Por tanto, se reducen las posibilidades de su pesquería en las costas de la región norte – centro, observándose una disminución en sus desembarques (Bouchon et al., 2015).

En el caso de otro recurso de aguas frías, como el pejerrey, esta especie costera se aleja de su área tradicional de distribución, por lo que se hace menos disponible a las capturas de la flota artesanal y se genera una reducción de los desembarques (Medina et al., 2015).

En cuanto a otros recursos, dependiendo de las características del evento El Niño en particular, las condiciones cálidas han favorecido la disponibilidad de algunas especies demersales de valor comercial, que generan una actividad pesquera de oportunidad frente a las costas de Piura y Tumbes; como el recurso falso volador (Prionotus stephanophrys). De igual forma, se ha observado el incremento de los desembarques de recursos como cachema (Cynoscion analis), coco (Paralonchurus peruanus) entre otros, frente a la costa central de Perú.