Estos se utilizan para conocer el estado de las poblaciones de los recursos hidrobiológicos, y son esenciales para implementar estrategias de manejo pesquero que garanticen la sostenibilidad de los mismos y del ecosistema marino. Entre los indicadores biológicos que pueden afectar su capacidad para reproducirse y sobrevivir tenemos:

a) Indice gonadosomático (IGS), también llamado coeficiente de madurez, es un indicador biológico que se utiliza para determinar la intensidad de la actividad reproductiva de una especie. (Buitrón et al 2011).

b) Factor de condición (FC) es la relación entre el peso total de un pez y su longitud, con el fin de evaluar la condición somática del recurso, es decir, el grado de bienestar de los peces (Buitrón y Perea 2000).

El IGS es un indicador que puede verse afectado o favorecido si los cambios producidos en las condiciones oceanográficas son persistentes, como durante los eventos El Niño y La Niña; trae como consecuencia el incremento o disminución en la intensidad y/o periodo de reproducción del recurso.

Así mismo, durante los eventos El Niño, el factor de condición de muchas especies de peces pueden verse afectados negativamente debido a la escasez de alimentos, el gasto energético por migración hacia otras zonas y/o condiciones desfavorables del medio ambiente. Un menor factor de condición indica que los peces tienen menos reservas energéticas, lo que puede afectar su capacidad reproductiva y supervivencia. Al respecto se han realizado diversas investigaciones.