Debido a la disminución de la fertilidad y producción primaria del ecosistema durante El Niño, ocurren impactos negativos en la red trófica y sus flujos (trofodinámica) (Tam et al. 2008), afectando la dieta de anchoveta (Espinoza y Bertrand 2008). Por otro lado, estos efectos son transitorios y el ecosistema tiende a recuperarse en pocos años (Taylor et al. 2008).