A nivel regional, en el Pacífico tropical Sudeste, que incluye el mar peruano, El Niño se manifiesta en cambios atmosféricos asociados a alteraciones de los patrones de presión atmosférica, circulación de los vientos y precipitaciones; cambios oceanográficos como calentamiento anómalo de la temperatura superficial del mar, profundización de la termoclina, disminución del afloramiento costero, entre otros; y cambios biogeoquímicos, como reducción del flujo de nutrientes a superficie, oxigenación de la columna de agua y cambios en el ciclo del carbono y la productividad.