El IMARPE cuenta con tres buques de investigación científica el BIC Humboldt , José Olaya Balandra , SNP2 y tres embarcaciones menores multipropósito para trabajo costero, donadas por el Ministerio de Pesquería, todas estas embarcaciones están dotadas de laboratorios, equipos hidroacústicos de investigación, equipo oceanográfico y variados artes de pesca.